Warna hitam melambangkan kegelapan dan keberdosaan. Jika diperhatikan jalan beraspal mulai dari pintu masuk Graha Maria ini, terlihat seperti sosok manusia telungkup bersujud dengan tangannya keluar menggeliat seakan mencari kemuliaan Tuhan.
Abu-abu memiliki makna bahwa warna tersebut dianggap sebagai simbol pertobatan dalam Alkitab. Warna dominan Graha Maria ini adalah abu-abu dengan maksud untuk meminta ampunan kepada-Nya.
Warna putih yang berarti kesucian dan kemurnian, mengingatkan manusia agar mencari kemuliaan Tuhan. Orang berdosa bersujud memohon belas kasihan Tuhan untuk menjadi murni dan suci kembali.
Warna merah maknanya adalah pengorbanan. Setelah manusia menjadi kudus (putih) melalui pertobatan dan juga ingin tetap dalam kekudusan, seterusnya ia harus senantiasa mengorbankan dirinya dan menjauhkan diri dari dosa-dosa.
Warna hijau mewakili kehidupan. Ketika seorang manusia kehilangan hidupnya melalui pengorbanan dirinya demi Tuhan dan demi orang lain, maka ia akan memiliki hidup Yang Maha Kuasa dalam dirinya sendiri.
Warna biru ibarat warna surga yang diartikan bahwa hak masuk ke dalam surga dimiliki oleh orang-orang yang mempunyai kehidupan Tuhan di dalam dirinya, sudah barang tentu pintu surga terbuka untuknya.
Yang terakhir adalah warna kuning, warna tersebut adalah warna kemuliaan, maksudnya ketika manusia masuk surga, Tuhan akan memberikan kemuliaan-Nya yang kekal seperti yang terlihat di atas tiga kubah menara Graha Maria berwarna kuning emas.
Pastor James Bharataputra SJ selaku perancang arsitektur Graha Maria Annai Velangkanni, butuh waktu tujuh tahun untuk dapat menemukan makna yang mendalam dari warna-warna yang digunakan pada Graha ini.
